Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) ist die Umweltfachstelle der Schweiz. Unter anderem ist sie die Fachstelle des Bundes für das nationale Grundwassermonitoring (Quantität und Qualität) und für die nationalen hydrogeologischen Synthesen. Das BAFU ist zuständig für die Nationale Grundwasserbeobachtung (NAQUA), dem landesweiten Monitoring der Grundwasserqualität und -quantität sowie der Isotope im Wasserkreislauf. Das Messnetz der Nationalen Grundwasserbeobachtung besteht aus den vier Modulen QUANT, SPEZ, TREND und ISOT. Im Modul QUANT wird die Grundwasser-Quantität erfasst, in den beiden Modulen SPEZ und TREND die Grundwasser-Qualität. Das Modul ISOT beobachtet stabile Wasserisotope im Niederschlag und in Fliessgewässern.
Die Anbindung an das BAFU erfolgt nebst dem Beirat zusätzlich über einen bilateralen Austausch, z.B. im Zusammenhang mit den Observatorien. Das Netzwerk steht insbesondere mit der folgenden Sektion des BAFU in engem Austausch, welche auch die BAFU-interne Koordination übernimmt: Abteilung Hydrologie - Sektion Hydrogeologische Grundlagen.